Sant Miquel de Fluvià es creà amb la fundació del monestir de Sant Miquel, que en principi depengué del de Sant Miquel de Cuixà sota el mandat de l’Abat Oliba car, els terrenys on fou aixecat ja eren propietat dels monjos de Cuixà, molt abans de l’any 1011. Així consta a la butlla del Papa Sergi IV de l’any citat que confirma les seves possessions. En aquestes dates diu que ja existia un petit poblat amb la seva esglesiola.
El 26 de juliol de 1045, en aquest indret, a uns 2000 m del Fluvià en una petita vall que se’n deia Vallgarriga, del comtat d’Empúries i prop d’una font, es marcà i s’afità amb creus, el lloc destinat a la construcció del cenobi i dependències monacals en senyals d’immunitat eclesiàstica.
La construcció fou lenta, car no es consagrà fins passats més de 20 anys després de la cerimònia de l’emplaçament. Sembla que hi hagué malentesos entre els propietaris i el noble local Guillem de Fonolleres el qual, reclamava per a ell, la propietat del terreny adduint que, el comte Gaufred d’Empúries l’havia cedit al seu pare.