Sant Miquel de Fluvià forma part de la comarca de l’Alt Empordà, província de Girona.
El terme municipal té una extensió de 3,62 km² i 28 m d’altitud.
Els límits del terme municipal són al nord amb Torroella de Fluvià a l’est amb Ventalló, al sud amb Sant Mori i a l’oest amb Palau de Santa Eulàlia.
Presenta una configuració peculiar entre el pla i la muntanya, ja que es troba en el límit occidental on fineix la plana al·luvial de l’Alt Empordà i els inicis dels aspres o terraprims. Terrenys lleugerament ondulats amb turons, pujols i minses serres que possiblement, al transcurs dels anys el riu anà estructurant.